בהשוואה לשיטות חיטוי מסורתיות, מרססים ננו-מציעים את היתרונות הבאים:
מהיר ויעיל: במהלך הפעולה, הזרבובית מפרסת את חומר החיטוי לחלקיקים זעירים, מגדילה את שטח הפנים של הנוזל ויעילות ההתזה, ובכך משיגה חיטוי יסודי מהר יותר.
חיסכון בחומרי חיטוי: על ידי שימוש בננוטכנולוגיה לפירוק חומר החיטוי לחלקיקים מיקרוסקופיים, מרססים ננו-מפחיתים את כמות חומר החיטוי הנדרש, ובכך מפחיתים את עלויות החיטוי.
בטוחים יותר וידידותיים יותר-לסביבה: בניגוד לשיטות המסורתיות המסתמכות על חומרי חיטוי כימיים מזיקים, התמיסות המשמשות במרססי ננו- אינם רעילים ואינם מזיקים, ואינם מהווים סיכון לפציעה למשתמשים או לסביבה.
